Στο Δήμο Καλαμάτας υπάρχουν πολλοί και σπουδαίοι αρχαιολογικοί χώροι, όπως των Ακοβίτικων, του Ελαιοχωρίου, του Βόλιμου Αρτεμισίας και της Αρχαίας Θουρίας
Αρχαιολογικός χώρος Ακοβίτικα (ΦΕΚ 669/Β/25.9.1970)
Στις παρυφές του αστικού συγκροτήματος δυτικά της πόλης της Καλαμάτας βρίσκονται δύο σημαντικές αρχαιολογικές θέσεις στην ανατολική πλευρά του ποταμού Άρι. Πρόκειται για το Πρωτοελλαδικό Μέγαρο της 3ης χιλιετίας π.Χ. που φανερώνει την ύπαρξη κάποιας μορφής κεντρικής εξουσίας στην περιοχή. Το Μέγαρο αποτελείτο από μια κεντρική αίθουσα και βοηθητικούς χώρους, η ιδιαιτερότητά του όμως έγκειται στους διαδρόμους που το περιβάλλουν, που παραπέμπουν σε ελάχιστα σπάνιας αρχιτεκτονικής κτίρια της ίδιας εποχής που ανήκαν σε ισχυρούς άρχοντες με μεγάλη κοινωνική και διοικητική δύναμη. Σε ξεχωριστό περιφραγμένο χώρο πλησίον, βρίσκεται σημαντικό ιερό του 6ου αι. π.Χ. αφιερωμένο στο θεό Ποσειδώνα, όπως μαρτυρούν οι επιγραφές που βρέθηκαν εκεί καθώς και τα χαρακτηριστικά αφιερώματα των αλιέων πιστών. Για την προστασία του αρχαιολογικού χώρου οι περιφραγμένοι χώροι στους οποίους βρίσκονται τα μνημεία που έχουν ανασκαφεί, ορίζονται σαν αδόμητες ζώνες. Γύρω από αυτή τη ζώνη, στο ΓΠΣ Καλαμάτας, προβλέπεται ειδική ζώνη ΠΑΧΒ ελεγχόμενης δόμησης. Οι χρήσεις που επιτρέπονται είναι χρήσεις αγροτικού χαρακτήρα και κατ εξαίρεση επιτρέπονται κατοικίες και αγροτικές αποθήκες μετά από έγκριση του ΥΠΠΟ.
Αρχαιολογικός χώρος Ελαιοχωρίου (ΦΕΚ 592/Β/16.6.1998)
Το Ελαιοχώρι στο σύνολό του με την γύρω περιοχή περιλαμβάνει ερείπια μνημειώδους πολυγωνικού τοίχου (αρχαία οχύρωση) το οποίο κτίστηκε μετά την ίδρυση της ανεξάρτητης Μεσσήνης. Η περιοχή ταυτίζεται με την αρχαία πόλη «Καλάμαι». Η προστασία του συγκεκριμένου αρχαιολογικού χώρου απαιτεί μια σύνθετη αντιμετώπιση καθ’ όσον περιλαμβάνει τον κατοικούμενο οικισμό αλλά και τον χώρο πέριξ αυτού. Οι ειδικοί όροι δόμησης που δεν έχουν ακόμα θεσπιστεί είναι ένα θέμα που θα πρέπει να αντιμετωπιστεί σε προτεραιότητα μαζί με την οριοθέτηση του οικισμού.
Αρχαίο Ιερό της Λιμνάτιδος Αρτέμιδος στο Βόλιμο Αρτεμισίας (ΦΕΚ 863/Β/6.7.2001)
Σε δύσβατη ορεινή περιοχή στις πλαγιές του Ταϋγέτου βρίσκεται το περίφημο και εξαιρετικής ιστορικής σημασίας αρχαίο ιερό της Λιμνάτιδος Αρτέμιδος. Ο τόπος λόγω της μεγάλης στρατιωτικής του σημασίας αποτέλεσε αντικείμενο διεκδικήσεων μεταξύ Μεσσήνιων και Λακεδαιμονίων. Στο εξωκκλήσι που βρίσκεται στο χώρο υπάρχει εντοιχισμένο άφθονο επιγραφικό υλικό, πολύτιμο για την ταύτιση του ιερού, ενώ πολλά από τα αρχαία ευρήματα εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Μεσσηνίας στην Καλαμάτα.
Αρχαιολογικός χώρος ερειπίων κλασικής πόλης Θουρίας, νεκροταφείο μυκηναϊκών θαλαμωτών τάφων στα Ελληνικά και ηγεμονικός μυκηναϊκός θολωτός τάφος Άνθειας στη θέση Ράχη (ΦΕΚ 963/Β/23-12-1994) και Λουτρά ρωμαϊκών χρόνων (ΦΕΚ145/Β/5-4-1983)
Στην αρχαία Θουρία, την πρώτη πρωτεύουσα της Μεσσηνίας πριν από την ίδρυση της αρχαίας Μεσσήνης, έχουν έρθει στο φως σημαντικά ευρήματα, τόσο από τους μυκηναϊκούς όσο και από τους κλασσικούς χρόνους. Η πόλη φαίνεται ότι κατοικήθηκε από την 3η χιλιετία π.Χ. Στους μυκηναϊκούς χρόνους η περιοχή ταυτίζεται με την ομηρική Άνθεια και απέκτησε τεράστια ακμή όπως μαρτυρεί το εκτεταμένο νεκροταφείο των επιβλητικών θαλαμωτών τάφων στα Ελληνικά, που έχουν φέρει στο φως οι ανασκαφές καθώς και ο ηγεμονικός θολωτός τάφος με το πλήθος των πολύτιμων ευρημάτων στην Άνθεια, στη θέση Ράχη. Από τα ευρήματα προκύπτει ότι η αρχαία πόλη ήταν πυκνοκατοικημένη κατά τους κλασικούς χρόνους με τειχισμένη ακρόπολη και λαμπρούς ναούς, ενώ από τη ρωμαϊκή εποχή σώζεται το άριστα διατηρημένο ρωμαϊκό λουτρό. Οι ανασκαφές συνεχίζονται μέχρι σήμερα. Πολλά από τα ευρήματα αυτά εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Μεσσηνίας.