Ο δευτερογενής τομέας του Δήμου φαίνεται ότι κατέχει σημαντική θέση στον παραγωγικό και κοινωνικοοικονομικό ιστό του Δήμου, όπως προκύπτει από τα στοιχεία της απασχόλησης, αλλά και από τον αριθμό καταστημάτων που καταγράφονται στο Δήμο. Όπως διαφαίνεται από τα διαθέσιμα στοιχεία, τα οποία προέρχονται από την επεξεργασία στατιστικών στοιχείων της ΕΛΣΤΑΤ και του Επιμελητηρίου Καλαμάτας, ο δευτερογενής τομέας του Δήμου, εστιάζεται κατά κύριο λόγο στη μεταποιητική και δευτερευόντως στην κατασκευαστική δραστηριότητα, η εξορυκτική δραστηριότητα είναι πολύ μικρή, ενώ δεν υπάρχει άλλη δραστηριότητα του δευτερογενούς τομέα.

Όσον αφορά στις θέσεις απασχόλησης, παρατηρείται σημαντική μείωση μεταξύ 2001 και 2011 σε απόλυτο αριθμό θέσεων, της τάξης του 15%, αλλά και ταυτόχρονη αποδυνάμωση του τομέα ως προς τη συμμετοχή του στο συνολικό αριθμό απασχολουμένων του Δήμου, έναντι του τριτογενή τομέα. Παρόλα αυτά, ο δευτερογενής τομέας εξακολουθεί να είναι ο δεύτερος, σε αριθμό απασχολουμένων, συγκεντρώνοντας το 21% του συνόλου των απασχολουμένων. Πρέπει να επισημανθεί ότι, στις επιχειρήσεις του τομέα, κυρίως σε όσες σχετίζονται με κατασκευαστική δραστηριότητα, εκτός από τους ντόπιους, απασχολείται και σημαντικός αριθμός αλλοδαπών εργαζομένων.

Με βάση τα στοιχεία του Επιμελητηρίου, οι σημαντικότεροι κλάδοι στους οποίους εξειδικεύονται οι επιχειρήσεις είναι:

1. Ο κλάδος της βιομηχανίας τροφίμων και ποτών. Οι επιχειρήσεις του κλάδου αυτού αξιοποιούν τα τοπικά αγροτικά προϊόντα που παράγονται στον Δήμο και στους άλλους Δήμους της Μεσσηνίας (όπως ελαιόλαδο, σταφίδα, σύκα, ελιές, πατάτα) στα οποία δίδεται προστιθεμένη αξία και απασχολούνται εργαζόμενοι της Καλαμάτας. Είναι μικρές για τα ευρωπαϊκά δεδομένα, οικογενειακές επιχειρήσεις με λίγα κεφάλαια κίνησης. Οι επιχειρήσεις που απαντώνται συχνότερα είναι επιχειρήσεις επεξεργασίας και τυποποίησης ελαιόλαδου, ελιών, βιοτεχνίες παρασκευής αλλαντικών, τυροκομεία, βιοτεχνίες αποφλοίωσης/συσκευασίας ξηρών καρπών, εργαστήρια παρασκευής άρτου και ζαχαροπλαστικής, οινοποιεία και ποτοποιεία.
2. Ο κλάδος της κατασκευής μεταλλικών προϊόντων, όπου περιλαμβάνονται κυρίως επιχειρήσεις επεξεργασίας αλουμινίου και σιδήρου, κατασκευής κουφωμάτων, κατασκευής προϊόντων από σίδηρο και επιχειρήσεις συναφών δραστηριοτήτων.
3. Η βιομηχανία ξύλου και προϊόντων από ξύλο και φελλό. Εδώ κυριαρχούν τα ξυλουργικά εργαστήρια και τα εργαστήρια κατασκευής ξύλινων κουφωμάτων.
4. Ο κλάδος των εκδόσεων, εκτυπώσεων, όπου περιλαμβάνονται τυπογραφεία, φωτογραφεία κλπ
5. Η κατασκευή επίπλων.
6. Οι υπόλοιπες μικρού πλήθους μεταποιητικές επιχειρήσεις του Δήμου δραστηριοποιούνται στην παραγωγή κλωστοϋφαντουργικών υλών, στην κατασκευή ειδών ένδυσης, στην κατασκευή προϊόντων από ελαστικό (καουτσούκ) και πλαστικές ύλες, στην κατασκευή άλλων προϊόντων από μη μεταλλικά ορυκτά, στην κατασκευή μηχανημάτων και ειδών εξοπλισμού και
7. κάποιους ακόμα κλάδους, με πολύ μικρό αριθμό επιχειρήσεων. 
8. Πρέπει να επισημανθεί η λειτουργία της καπνοβιομηχανίας «ΚΑΡΕΛΙΑ» στην περιοχή της Καλαμάτας, η οποία κάνοντας ενεργητική τελειοποίηση καπνού,  είναι σημαντική για τη συνολική οικονομική φυσιογνωμία του, δεδομένου του μεγέθους της επιχείρησης (συνολική εγκατεστημένη ισχύς 6.775 HP) και του αριθμού ατόμων που απασχολούνται σε αυτήν (περίπου 500).
9. Όσον αφορά την κατασκευαστική δραστηριότητα, αποτελεί μια σημαντική δραστηριότητα για το Δήμο, η οποία συμβάλλει σε μεγάλο βαθμό στην παραγωγή του ακαθάριστου προϊόντος του τομέα. Οι επιχειρήσεις του Δήμου που δραστηριοποιούνται στην κατασκευή, έχουν ως αντικείμενο εργασίες που σχετίζονται άμεσα ή έμμεσα με οικοδομική δραστηριότητα.

Ως προς τη χωρική κατανομή των επιχειρήσεων του δευτερογενούς τομέα, διαπιστώνεται ότι η κύρια συγκέντρωση παρατηρείται, όπως είναι αναμενόμενο, στην Καλαμάτα και στις όμορες Κοινότητες, το Ασπρόχωμα, τη Σπερχόγεια, τη Θουρία και τη Βέργα, όπου συγκεντρώνεται το 97% των επιχειρήσεων του Δήμου. Διαμορφώνεται έτσι ένας πόλος συγκέντρωσης οικονομικών δραστηριοτήτων στη δυτική πλευρά του Δήμου, ενώ στις υπόλοιπες περιοχές του υπάρχουν ελάχιστες ή και καθόλου επιχειρήσεις του δευτερογενή τομέα.

Τέλος, όσον αφορά στις οργανωμένες περιοχές υποδοχής βιομηχανικών-βιοτεχνικών επιχειρήσεων, στην περιοχή του Δήμου Καλαμάτας, υπάρχει μια ΒΙ.ΠΕ (ΕΤΒΑ) στην περιοχή της Σπερχογείας, καθώς και ένα ΒΙΟ.ΠΑ. 

Όσον αφορά τη ΒΙ.ΠΕ, η πληρότητά της είναι 70% και οι εγκατεστημένες επιχειρήσεις εντός αυτής εξειδικεύονται στον κλάδο των τροφίμων και ποτών, του χονδρικού εμπορίου τροφίμων και ποτών, στην κατασκευή ψυκτικών θαλάμων, στις εκδόσεις/εκτυπώσεις, στην κατασκευή προϊόντων από ξύλο, και στις σιδηροκατασκευές.

Όσον αφορά το ΒΙΟΠΑ,  φορέας διαχείρισής του είναι η Κτηματική Καλαμάτας Δημοτική Ανώνυμη Εταιρεία «ΔΙΟΚΛΗΣ Α.Ε.». Με βάση τα στοιχεία της Εταιρείας, το ΒΙΟΠΑ εκτείνεται σε 52.000 τ.μ. και φιλοξενεί 62 επιχειρήσεις, φθάνοντας το 100% της πληρότητάς του. Οι επιχειρήσεις αυτές εξειδικεύονται:

• εικοσιοκτώ (28) στον κλάδο του εμπορίου, εκ των οποίων οι είκοσι δύο (22) στη συντήρηση και επισκευή οχημάτων,
• επτά (7) στην κατασκευή επίπλων,
• επτά (7) στην κατασκευή προϊόντων από ελαστικό και πλαστικές ύλες,
• πέντε (5) επιχειρήσεις στον κλάδο των μεταφορών,
• τέσσερις (4) επιχειρήσεις, στον κλάδο της βιομηχανίας τροφίμων και ποτών και άλλες τόσες στον κλάδο της κατασκευής μεταλλικών προϊόντων,
• τρεις (3) επιχειρήσεις, στον κλάδο των εκδόσεων / εκτυπώσεων,
• δύο (2) στον κλάδο των κατασκευών και επίσης δύο στην κατασκευή χαρτοπολτού και προϊόντων από χαρτί,
• μία (1) επιχείρηση εξειδικεύεται στην παραγωγή κλωστοϋφαντουργικών υλών και μία (1) στην παροχή υπηρεσιών (πλύσιμο / στέγνωμα ρούχων).

Η βιομηχανική κρίση στο Νομό Μεσσηνίας άρχισε περίπου στις αρχές της δεκαετίας του 1980.  Για μεγάλο χρονικό διάστημα ο Νόμος στήριξε την ανάπτυξη του σε ένα σχετικά περιορισμένο αριθμό μονάδων που ήταν προσανατολισμένες σε παραδοσιακούς κλάδους βιομηχανικής δραστηριότη-τας (π.χ. κλωστοϋφαντουργία). Η κρίση που στις αρχές της δεκαετίας του 1980 έπληξε τους κλάδους αυτούς, σε συνδυασμό με πολιτικές μαζικής ανασυγκρότησης ή εκποίησης προβληματικών επιχειρήσεων των κλάδων αυτών, επέφεραν μία γενικότερη αποδιοργάνωση της παραγωγικής βάσης στο Νομό. Άμεσες συνέπειες της κρίσης αυτής ήταν πού υψηλά φαινόμενα της ανεργίας και η αποδιοργάνωση όχι μόνο του οικονομικού αλλά και του κοινωνικού ιστού.