Οδηγίες σχετικά με τη λειτουργία και τη διαδικασία υποβολής θεμάτων στα Συμβούλια Πολεοδομικών Θεμάτων και Αμφισβητήσεων παρέχει η Αποκεντρωμένη Διοίκηση. Σε σχετικό έγγραφο αναφέρεται μεταξύ άλλων πως «οι προσφυγές θα κατατίθενται στις ΥΔΟΜ (σ.σ. Υπηρεσίες Δόμησης, έως πρότινος γνωστές ως