Μετά τη ρωμαϊκή κατάκτηση, οι Φαρές θα συμμετάσχουν σε ομοσπονδιακό κράτος με πρωτεύουσα τη Μεσσήνη, χωρίς εντούτοις να έχουν απαλλαγεί οριστικά από τις λακωνικές διεκδικήσεις.
Οκταβιανός Αύγουστος
Ο Οκταβιανός Αύγουστος θα παραχωρήσει τις Φαρές στους Λάκωνες μετά τη νίκη του στο Άκτιο (31 π.Χ.), τιμωρώντας έτσι τους Μεσσήνιους γιατί είχαν πάρει το μέρος του Αντώνιου και της Κλεοπάτρας. Στη συνέχεια, όμως, ο αυτοκράτορας Τιβέριος (14-37 μ.Χ.) απέδωσε τις Φαρές, τη Θουρία και την περιοχή της Δενθελεάτιδας και πάλι στους Μεσσήνιους. Οριστική ρύθμιση των συνόρων έγινε την εποχή του Βεσπασιανού (78 μ.Χ.). Κατά τους Ελληνιστικούς και Ρωμαϊκούς χρόνους, οι Φαρές γνώρισαν περίοδο ακμής. Τη σημασία της πόλης μαρτυρούν και οι δύο επιστολές που έστειλε ο αυτοκράτορας Κόμμοδος (177/8 μ.Χ.) στους κατοίκους των Φαρών, οι οποίες σώζονται αποσπασματικά, χαραγμένες σε λίθινη στήλη.
Όταν τις επισκέφθηκε ο περιηγητής Παυσανίας (μέσα 2ου αι. μ.Χ.), οι Φαρές απείχαν μόλις 1.000 μέτρα από τη θάλασσα και περίπου 13 χλμ. από την αρχαία Αβία (σημερινή Παλαιόχωρα). Ανάλογη μαρτυρία καταθέτει και ο Στράβων (ενάμιση αιώνα αργότερα), που την τοποθετεί δίπλα στις εκβολές του ποταμού Νέδοντα, οι προσχώσεις του οποίου άλλαξαν ριζικά το τοπίο.
Ψηφιδωτά δάπεδα Ρωμαϊκής εποχής, Αρχαιολογικό μουσείο Καλαμάτας
Στα χρόνια του Παυσανία, η πόλη που εκτεινόταν κάτω από το κάστρο ήταν παρηκμασμένη, σε αντίθεση προς τη γειτονική Θουρία. Συνάντησε, λοιπόν, εδώ μόνο δύο ιερά. Το ένα ήταν αφιερωμένο στη λατρεία των ηρώων θεραπευτών Νικόμαχου και Γόργασου, γιων του Μαχάονα και της Αντίκλειας, και το άλλο στη λατρεία της θεάς Τύχης. Ο Παυσανίας επισκέφθηκε επίσης το ιερό άλσος του Κάρνειου Απόλλωνα (πιθανότατα στη θέση Πέρα Καλαμίτσι, σε μικρή απόσταση βορειοανατολικά της Καλαμάτας), όπου υπήρχε πηγή νερού και έχουν εντοπιστεί θραύσματα από πήλινα κεραμίδια με φυτικό διάκοσμο Ύστερων Αρχαϊκών χρόνων και ταφικός πίθος Γεωμετρικών χρόνων (8ος αι. π.Χ.), ο οποίος περιείχε χάλκινο ιππάριο και χάλκινες περόνες• ο Παυσανίας, ωστόσο, δεν αναφέρεται στο ιερό της Αθηνάς Νεδουσίας, το οποίο συνάντησε ο Στράβων κατά τον 1ο αι. μ.Χ.
Από την αρχαία πόλη έχουν αποκαλυφθεί θεμέλια τείχους και πύργου της κλασικής οχύρωσης των Φαρών σε απόσταση 250 μ. νότια από το κάστρο, αρχαϊκές επιγραφές χαραγμένες σε βράχια (θέση Λιθωμένο Φίδι), θραύσματα αγγείων Υστεροελλαδικής ΙΙΙ εποχής (1200-1100 π.Χ., στη νότια πλευρά του λόφου του κάστρου), λαξευτός τάφος της ίδιας εποχής (γήλοφος Τούρλες), θραύσματα πήλινων αναθηματικών πλακιδίων των Αρχαϊκών και Κλασικών χρόνων (στον ίδιο λόφο), καθώς και αναθηματική επιγραφή του 1ου αι. μ.Χ. αφιερωμένη στον Δία (εκτίθεται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, στην Αθήνα)
